Szkoła w Krajnie powstała po I wojnie światowej. Pierwsze wzmianki znajdują się w kronice szkolnej napisanej przez kierownika Ignacego Krogulca i dokumentach związanych z nauczaniem znajdujących się w archiwum szkolnym, które sięgają roku 1919. Początkowo była to szkoła jednoklasowa do której uczęszczało 176 dzieci . W skład obwodu szkoły wchodziły: Stara Wieś, Parcele, Południowa, Pogorzele, Łęki i Wymyślona. Nauka odbywała się w wynajmowanych u gospodarzy izbach.

Do 1927 roku zajęcia w szkole prowadzili państwo Germanowie. 20.09.1928 roku obowiązki kierownika szkoły powierzono Ignacemu Krogulcowi i podniesiono stopień organizacyjny szkoły na dwuklasową. Mimo zaangażowania kierownika i lokalnej społeczności nie udało się przekonać władz gminnych do budowy szkoły w Krajnie, ponieważ brakowało na ten cel środków finansowych. W 1930 roku z powodu braku miejsc nauki nie pobierało 132 dzieci. Nauka nadal odbywała się w wynajmowanych salach, które nie były do tego odpowiednio wyposażone. Nauczyciele dysponowali jedynie tablicą i liczydłem. Sami kupowali książki do biblioteczki szkolnej i wykonywali proste pomoce dydaktyczne. Podejmowali również działalność społeczną m.in. Ignacy Krogulec w 1931 roku założył w Krajnie Ochotniczą Straż Pożarną, a w 1934 roku Związek Strzelecki. 

Do szkoły zapraszano okoliczną ludność na przedstawienia z okazji obchodów rocznic państwowych m.in. odzyskania niepodległości, powstań narodowych i Konstytucji 3 maja. W 1933 roku po raz pierwszy w Krajnie zorganizowano oddział VI, który liczył 17 uczniów, a naukę pobierało 290 dzieci. W październiku 1934 roku na zebraniu ogólnym mieszkańcy podjęli decyzję o budowie szkoły i w 1935 roku zaczęli zwozić kamień z kopalni ″Józefka″. Prace te przerwano z powodu wybuchu II wojny światowej.

       W okresie okupacji funkcję kierownika sprawowała pani Florentyna Krogulec, ponieważ jej mąż przebywał w niewoli niemieckiej. Wraz z panią Marią Siczek i księdzem Władysławem Wojnowskim prowadziła również tajne nauczanie. Po wojnie nauka nadal odbywała się w wynajętych izbach chłopskich oraz w organistówce. W szkole było 6 oddziałów i 282 uczniów. W 1945 roku do Krajna przybył Michał Litarowicz, który został kierownikiem szkoły, ponieważ pani Florentyna Krogulec poprosiła o przeniesienie do Kielc.

28 sierpnia 1948 roku mieszkańcy Krajna przystąpili do budowy szkoły. Środki finansowe na ten cel przekazał również starosta powiatowy. 1 marca 1950 roku budowa została ukończona, a już kilka lat później, bo w 1959 roku kierownik Litarowicz wystosował pismo do władz oświatowych z prośbą o budowę nowej szkoły, ponieważ w dotychczasowym baraku warunki do nauki nie były najlepsze. W latach 1967 - 1984 roku obowiązki dyrektora sprawowała pani Maria Telka. W tym czasie wybudowano Dom Nauczyciela, w którym mieszkania otrzymali najbardziej potrzebujący nauczyciele. W latach 1984 - 1994 roku dyrektorem szkoły była pani Janina Lach. Dzięki jej staraniom rozpoczęto budowę szkoły 25 października 1986 roku. Do prac zaangażowali się wszyscy mieszkańcy Krajna. Budowę ukończono 19 października 1989 roku. W latach 1994 - 1999 roku obowiązki dyrektora szkoły sprawowała pani mgr Ewa Król. 07 października 1995 roku minister MEN prof. dr hab. Ryszard Czarny dokonał uroczystego otwarcia sali gimnastycznej. 

       1 września 1999 r. dyrektorem Szkoły Podstawowej w Krajnie został  mgr Andrzej Michalski.  Był również pierwszym dyrektorem Gimnazjum w Krajnie do 31.08.2002 roku. Dzięki dobrej współpracy z władzami gminy Górno zorganizował w roku szkolnym 1999/2000 dowóz dzieci do szkoły z Krajna Łęki, Południowej, Wymyślonej i Krajna Zagórza oraz wprowadził dożywianie uczniów w szkole w postaci ciepłych posiłków. 19 maja 2002 roku odbyło się uroczyste otwarcie pracowni komputerowej wyposażonej w 10 komputerów z dostępem do Internetu. Od 1 września 2002 roku została powiększona oferta edukacyjna szkoły w zakresie nauczania języków obcych. Oprócz  języka angielskiego, nasi uczniowie uzyskali możliwość nauki języka niemieckiego. w 60 rocznicę pacyfikacji Krajna przeniesiono z Kaplicznej Górki pod szkołę pomnik ku czci pomordowanych mieszkańców naszej miejscowości w czasie II wojny światowej. Pamięć o tych tragicznych wydarzeniach jest kultywowana wśród uczniów naszej szkoły.

1 września 2002 roku dyrektorem Gimnazjum w Krajnie została mgr Agnieszka Bujak. W 2007 r. z Europejskiego Funduszu Społecznego w ramach projektu "Pracownie komputerowe dla szkół" szkoła uzyskała 22 komputerów do pracowni internetowej. W tym samym roku uzyskaliśmy Internetowe Centrum Informacji Multimedialnej z projektu współfinansowanego przez Unię Europejską.
Od 1 września 2005r. roku w Szkole zostaje utworzone stanowisko wicedyrektora, które zajmuje mgr Marek Woźniak.

W dniu 29.12.2008 roku uchwałą Rady Gminy Szkole Podstawowej w Krajnie nadano imię księdza Jerzego Popiełuszki.

W 2009 roku przy naszej szkole powstał Punkt Przedszkolny, a w 2010 roku w ramach projektu "Odnowa wsi świętokrzyskiej 2010" realizowanego przez Zarząd Województwa Świętokrzyskiego i przy współudziale Gminy Górno uzyskaliśmy środki na budowę Placu zabaw, który powstał przy naszej szkole.

       1 września 2011 roku Szkoła Podstawowa i Gimnazjum została połączona w Zespół Szkół w Krajnie, którego dyrektorem została mgr Małgorzata Gębska-Lisowska, a wicedyrektorem mgr Agnieszka Bujak.

    1 września 2016 roku dyrektorem Zespołu Szkół w Krajnie zostaje mgr Ewa Lach, a wicedyrektorem mgr Małgorzata Pajdała.

      1 września 2017 roku Zespół Szkół w Krajnie zostaje przekształcony w Szkołę Podstawową im ks. Jerzego Popiełuszki w Krajnie.

      1 września 2019 roku dyrektorem Szkoły Podstawowej im. ks. Jerzego Popiełuszki w Krajnie zostaje mgr Małgorzata Pajdała, a wicedyrektorem mgr Marta Obarzanek.